Los frailes franciscanos comenzaron a construir la Iglesia de San Francisco en el año 1245. Más tarde tuvo que ser reformada tras el incendio que destruyó el antiguo claustro y parte de la iglesia.
Aunque
los orígenes de esta iglesia son románicos, posteriormente fue
transformada al estilo gótico y más tarde adquirió decoración barroca.
El interior tiene tres naves revestidas con tallas doradas, en las que se cree que se emplearon más de 300 kilos de polvo de oro. Tanto es el oro que reviste la iglesia que, años atrás, fue cerrada al culto por ser demasiado ostentosa para la pobreza que la rodeaba.
En la nave lateral izquierda se encuentra uno de los mayores atractivos de la iglesia, el Árbol de Jesé, una escultura de madera policromada considerada una de las mejores del mundo en su género.
Bajo el suelo de la Iglesia de San Francisco se esconden sus catacumbas, un lugar donde se encuentran enterrados muchos de los hermanos de la orden de los franciscanos así como algunas de las familias nobles de la ciudad.
Además de las sepulturas, en las catacumbas hay un osario con miles de huesos humanos que se pueden observar a través de un cristal colocado en el suelo.
